Subject
high-throughput sequencing, ampelovirus, phylogenetic analysis, Sequence, YaV1, yam asymptomatic virus 1, caracterisation, Igname, Dioscorea spp., Virologie végétale, Virus phytopathogène, Plante tropicale, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy

Domains
Biologie, Sciences du vivant, Sciences exactes

Description

A novel virus infecting yams (Dioscoreaspp.), tentatively named "yam asymptomatic virus 1" (YaV1), was characterized and sequenced from an asymptomaticD. alataplant from Vanuatu. Sequence comparisons and phylogenetic analysis showed that YaV1 is a novel ampelovirus and has the smallest genome among "subgroup 1" members. RT-PCR-based screening of a yam germplasm collection conserved in Guadeloupe showed that YaV1 is prevalent inD. alata,D. bulbifera,D. cayennensissubsp. rotundata,D. esculentaandD. trifidaaccessions but causes no apparent symptoms. Additional phylogenetic analysis revealed a low variability of YaV1 in Guadeloupe in a limited part of the genome, and suggested the occurrence of plant-to-plant transmission.

Keywords

Language
English (en-GB)

Creators
Marais, Armelle, Umber, Marie, Filloux, Denis, Gomez, Rose-Marie, Faure, Chantal, Pavis, Claudie, Julian, Charlotte, Roumagnac, Philippe, Acina-Mambole, Isabelle, Bonheur, Lydiane, Theil, Sébastien, Contreras, Sandy, Candresse, Thierry, , Teycheney, Pierre-yves

Contributors
Biologie du fruit et pathologie (BFP) ; Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agrosystèmes tropicaux (ASTRO) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF) ; VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), European Union (EU) ; Guadeloupe Region, ANR-11-EBIM-0002,SafePGR,Amélioration du diagnostic viral pour sécuriser les ressources génétiques végétales(2011)

Sources
ISSN: 0304-8608, EISSN: 1432-8798, Archives of Virology, https://hal.inrae.fr/hal-02926860, Archives of Virology, Springer Verlag, 2020, 165 (11), pp.2653-2657. ⟨10.1007/s00705-020-04787-0⟩

Relation
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/doi/10.1007/s00705-020-04787-0
info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/32852617

Coverage
Vanuatu

Name of newspaper