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Au Vanouatou, archipel volcanique du Pacifique Sud, l'alimentation est basée sur les plantes à racines et tubercules, particulièrement le taro Colocasia esculenta et la grande igname Dioscorea alata, plantes traditionnelles introduites par les premiers hommes à avoir navigué vers ces îles il y a 3500 ans. Dans la pure tradition de polyculture des jardins mélanésiens, d'autres espèces de plantes à racines et tubercules, cultivées de longue date ou récemment introduites, s'ajoutent à ces plantes traditionnelles et assurent avec elles la subsistance et l'autosuffisance du peuple du Vanouatou. Quelques soient leurs dates d'arrivée dans le pays, leur statut culturel ou leur nature biologique, ces plantes ont en commun d'être des plantes à multiplication végétative, replantées et propagées par bouturage, mimant ainsi par l'action de l'homme les organismes clonaux. Ces plantes sont donc menacées par deux caractéristiques propres à leur histoire et à leur nature culturale: une faible base génétique découlant d'un nombre d'introductions réduit qui les rend vulnérables aux agressions extérieures, et la rareté de la reproduction sexuée pouvant assurer un renouvellement de la diversité. Face aux changements sociologiques, culturels, économiques et climatiques propres à notre époque, la diversité de ces plantes dans le contexte particulier des pays-archipels du Pacifique est menacée. Avec elle, c'est la subsistance et la culture des peuples océaniens qui est en danger. A travers les diversités spécifique, variétale et génétique des plantes à racines et tubercules cultivées dans dix villages du Vanouatou, cette thèse a comme objectif de comprendre les stratégies de sécurité alimentaire actuellement en cours puis d'identifier les processus biologiques et paysans impliqués dans les dynamiques de diversification de ces plantes. Si les 13 espèces recensées, totalisant 1005 variétés cultivées, n'ont pas toutes fait l'objet d'une étude approfondie, les diversités génétiques de la grande igname D. alata, du taro C. esculenta et du manioc Manihot esculenta ont pu être établies. Les processus de diversification, fixation de mutations somatiques mais aussi sexualité et polyploidisation, ont ainsi été révélés. L'accent a été mis sur les rôles joués par les paysans, premiers acteurs de la dynamique de diversification de leurs plantes cultivées. Ce travail a également permis de discuter la méthodologie de distribution géographique de la diversité allélique (Lebot et al. 2005) comme mode de conservation à la ferme des plantes à racines et tubercules.